研究所階段跟著指導教授專注自動化主題，擔任教職之後隨著業界需求而進行研究，2001年起侯教授集中於「知識管理」與「物流管理」研究。他所從事的「知識管理」研究乃是將傳統以文字方式呈現的知識，透過其研究團隊所發展的演算法，轉換成聲音、視覺的訊息，例如一般工廠的操作手冊內容多以文字表達，但作業員可能無法充分解讀文字，藉由圖片與聲音搭配就比較讓人一目瞭然。

 

動作知識視覺化範例

　　與其他知識管理研究強調理念與策略等研究方向有所不同，他著重於利用text mining 演算法則，研發智慧型知識管理技術，希望藉由知識管理方法論與技術之研發，使知識服務產業能逐步成形。

　　除了做先進的研究之外，侯教授也將研究成果實際應用於產業，包括將所研發之智慧型知識管理技術，導入中科院、亞頌科技、交大科法所、台灣科技大學等；與茂積及亞頌科技公司合作，將智慧型知識管理技術應用於IC設計專案管理之文件與專利控管。除知識管理領域外，近期在「物流管理」領域中，侯教授更將研發之揀貨與儲位管理系統，提供予全國最大的圖書物流中心農學社；並與工研院合作，將俗稱「電子標籤」的RFID（無線射頻辨識）技術應用於長期照護機構之人員與用藥管理。

　　「我彈性很大，可以接受任何可能，可以做選擇時，我都是做最快的選擇。」侯建良舉他留在台灣唸博士來說，也有很多人建議他出國讀，但他覺得留在清華可以很快拿到博士，從事他最愛的教職，出國與否反而其次。「我不會把時間浪費在做選擇上，」他認為除非很確定知道自己不要什麼，不然做什麼選擇都可以，但一旦選擇了就要全力以赴。

　　從拿到博士就開始培養運動習慣的侯建良，不論是跑步、游泳或打羽球都愛，尤其是跑步沒有時地限制，更是養成習慣，即便因為要出遠門開會，都會利用凌晨跑步，只要有校慶運動會都會有他矯健的身影，拿獎盃是家常便飯。運動之餘還參加攝影、徵文等活動，也獲獎不少。2006年又接下「校友服務中心」主任一職，舉辦校友聯誼等活動，深獲好評。只是到目前為止，還沒有遇到一位讓他採取行動的對象，至今單身。

　　2006年獲得「工學院傑出教學獎」、並獲推薦「校傑出教學獎」的侯教授，雖然要求嚴格，但深受學生肯定。「行動派」的他發現不少學生會浪費太多時間思考如何選擇，常常擔心做得對不對。「可能是太擔心失敗吧？」，他的經驗是「只要夠努力，不會因為選擇而限制你的發展。」侯建良憑著自己的努力，證明本土博士也可以做好研究與教學工作，更可以發揮所長，從事服務他人的工作。